Сообщество - Лига биологов

Лига биологов

10 576 постов 18 240 подписчиков

Популярные теги в сообществе:

98

Работа микробиологом. Найти. Определить. Уничтожить

Введение

Приветствую, друзья! Давно в блоге не было статей про микробиологию, поэтому сегодня хотел бы прервать долгое молчание и рассказать немного о том, как микробиологи на пищевых предприятиях проверяют качество своей продукции.

Как всегда, постараюсь рассказать всё максимально просто и наглядно, чтобы даже очень далёкий от темы человек мог вникнуть в суть основных процессов.

Обложка для статьи сгенерирована с помощью сервиса Leonardo AI.

Обложка для статьи сгенерирована с помощью сервиса Leonardo AI.

Пищевая безопасность

При выпуске любой продукции, будь то готовая еда, полуфабрикаты, молоко, мясо, напитки и даже обычная питьевая вода, производитель должен быть уверен, что она безопасна для потребителя.

Современный производственный процесс состоит из множества этапов, и на каждом из них существует риск, что что-то пойдёт не так. Например, будет нарушен температурный режим при транспортировке сырья, работники плохо помоют оборудование или директор решит искупаться в чане с молоком.

Поскольку никто не хочет получать иски от торговых сетей, а уж тем более садиться в тюрьму в случае массового отравления или, не дай бог, смерти покупателей. Поэтому к вопросам пищевой безопасности относятся довольно серьёзно.

По моему опыту, чем крупнее бренд, тем строже на его производственных площадках относятся к пищевой безопасности. Им есть что терять, да и деньги на выполнение всех процедур и найм специалистов имеются. Впрочем, даже у крупных фирм бывают факапы.

Отбор образцов

После того как предприятие выпустило партию готовой продукции, часть из неё отбирается на исследование.

Партией называют определённое количество продукции одного наименования, одинаково упакованной и произведённой по одним и тем же стандартам.

Если производственный процесс непрерывен, то образцы для исследований отбираются с определённой периодичностью (раз в несколько часов, дней и т.д.).

Затем отобранные образцы отправляют в лабораторию. Обычные мелкие производства отправляют их в сторонние организации, а крупные имеют на заводе свою лабораторию.

Приём образцов через передаточное окно (микробиологическая лаборатория)

Приём образцов через передаточное окно (микробиологическая лаборатория)

Найти

Но как же нам теперь узнать, есть ли в исследуемых образцах какие-то зловредные микроорганизмы? Задача довольно сложная, ведь ещё из школьного курса биологии мы помним, что размер большинства микробов не превышает 5–10 микрометров (1 мм = 1 000 микрометров).

Распознать их на «глазок» не получится.

Дрожжи на фоне человеческого волоса

Дрожжи на фоне человеческого волоса

Для решения этой проблемы и были придуманы питательные среды. Питательная среда — это специальный субстрат, который применяют для культивирования различных микроорганизмов.

Описание питательных сред

Описание питательных сред

Обычно она продаётся в сухом виде. Её разбавляют водой, стерилизуют и разливают по чашкам Петри.

Чашки Петри с готовой питательной средой.

Чашки Петри с готовой питательной средой.

Если микроорганизмы попадают на поверхность питательной среды, то они начинают активно размножаться, образуя колонии, видимые даже невооруженным глазом.

Вот как это выглядит вживую:

Мы можем просто взять небольшую пробу из продукта (несколько миллилитров) и распределить эту жидкость по поверхности чашки или взять смывы ватной палочкой с поверхности кусочка.

Добавление исследуемого образца на поверхность питательной среды.

Добавление исследуемого образца на поверхность питательной среды.

В случае мяса и другой твёрдой пищи её можно перемолоть в суспензию с помощью специального прибора (гомогенизатора).

Гомогенизатор микробиологический

Гомогенизатор микробиологический

Затем помещаем чашки с питательной средой в термостат (оптимальная температура для большинства бактерий ~37 градусов) и наблюдаем, вырастут ли на их поверхности колонии.

Микробиолог помещает чашки Петри в термостат

Микробиолог помещает чашки Петри в термостат

Определить

На следующий день вся поверхность чашки оказалась заполнена маленькими колониями. Отлично! Мы узнали, есть ли в наших образцах микроорганизмы, но как нам теперь определить, что это? Безопасны ли они или стоит бить тревогу?

Чашка Петри после 24 часов инкубации. Каждый цветной круг — колония микроорганизмов.

Чашка Петри после 24 часов инкубации. Каждый цветной круг — колония микроорганизмов.

Ведь, например, в кисломолочных продуктах присутствуют полезные лактобактерии, как же нам отличить их, например, от вредной кишечной палочки?

Изучение образцов под микроскопом

Изучение образцов под микроскопом

Это уже более сложная задача. Во-первых, мы можем взять мазок из выросшей колонии и хорошенько изучить его под микроскопом.

Микроскопирование

Оно подскажет нам внешний вид (морфологию) микроорганизма (дрожжи это, плесень или бактерии), форму (палочки, кокки), а также их размер и наличие спор.

Шарообразные бактерии (кокки)

Шарообразные бактерии (кокки)

Если это бактерии, то мы можем применить специальные красители и посмотреть, каким образом они окрашиваются. Это даст нам дополнительную информацию об устройстве их клеточной стенки (грамположительные или грамотрицательные).

Внешний вид различных микроорганизмов

Внешний вид различных микроорганизмов

Так, например, кишечная палочка относится к грамотрицательным бактериям, поэтому, если мы проводим анализ на наличие этой бактерии, то можем исключить её в случае положительной окраски всех колоний в чашке.

Диагностические (селективные) среды

Ещё мы можем перенести интересующие нас колонии на специальные диагностические питательные среды. Их фишка в том, что метаболизм разных бактерий отличается. Т. е. в процессе жизнедеятельности они (какают) выделяют разными веществами.

Диагностические среды

Диагностические среды

Диагностические среды содержат в своём составе особые вещества, которые вступают в химическую реакцию с теми веществами, что выделяют бактерии, и изменяют цвет колонии.

Наглядный пример. Колония кишечной палочки, помещенная на специальную диагностическую среду, окрашивается в тёмно-синий или фиолетовый цвет.

Подложки с диагностическими средами для определения патогенных бактерий

Подложки с диагностическими средами для определения патогенных бактерий

Если мы заранее определили в микроскоп, что бактерии имеют вид коротких палочек, отрицательно окрашиваются по Граму, а их колонии на диагностической среде имеют синий или фиолетовый оттенок, то с вероятностью 95% можно сказать, что это бактерии из группы кишечной палочки (БГКП).

Дополнительные тесты

Конечно, для этой статьи я сильно упростил процесс. Для выявления каждого микроорганизма существуют свои проверенные методики. Есть методические рекомендации, протоколы и ГОСТы.

ГОСТ на определение кишечной палочки

ГОСТ на определение кишечной палочки

Микробиологам порой требуются провести кучу тестов. Пересеять образцы на несколько питательных сред, посмотреть на взаимодействие с различными ферментами, изучить подвижность с помощью полужидких питательных сред. Всё это очень трудоёмкий и времязатратный процесс.

Тест на подвижность микроорганизмов. Если место укола бактериальной суспензией со временем "расплывается", значит бактерии имеют жгутики и подвижны.

Тест на подвижность микроорганизмов. Если место укола бактериальной суспензией со временем "расплывается", значит бактерии имеют жгутики и подвижны.

Однако в последнее время ситуация меняется, и появляются новые технологии, которые могут существенно облегчить процесс идентификации.

Например, вот такие наборы:

Наборы для биохимической идентификации микроорганизмов

Наборы для биохимической идентификации микроорганизмов

На этой подложке расположены лунки с различными биохимическими тестами (помните, я говорил, что разные бактерии какают выделяют в окружающую среду разные химические вещества).

Так вот, можно приготовить суспензию из интересующей нас колонии, а затем добавить её по капле в каждую из этих лунок, а затем после термостатирования снять результаты.

Если цвет лунки изменился, то значит вещество в ней вступило в реакцию с бактериями. 

Если цвет лунки изменился, то значит вещество в ней вступило в реакцию с бактериями. 

Получается цифровой ключ. Реакция в первой лунке прошла, значит, +, реакция во второй нет, значит, -. В итоге мы имеем уникальную последовательность, сравнив которую с базой, можно определить, что это за микроорганизм. Очень удобно, быстро и точно.

Два теста. Сверху все реакции отрицательные. Снизу все реакции положительные.

Два теста. Сверху все реакции отрицательные. Снизу все реакции положительные.

Эта замечательная технология, но к сожалению, довольно дорогостоящая, что пока ограничивает её широкое использование.

Уничтожить

Итак, мы прошли долгий путь. Исследовали образцы вдоль и поперёк на присутствие всех патогенных микроорганизмов и готовы вынести вердикт.

В зависимости от вида продукции у него есть допуски на присутствие микроорганизмов, например в кефире, питьевой воде, кондитерских изделиях, однако во всех случаях патогенных видов, вызывающих заболевания у человека, в них быть не должно.

Микробиологические показатели йогурта. Патогенные микроорганизмы не обнаружены. Полезные микроорганизмы в пределах нормы.

Микробиологические показатели йогурта. Патогенные микроорганизмы не обнаружены. Полезные микроорганизмы в пределах нормы.

Далее лаборатория выдаёт заключение. Если всё хорошо, то продукцию снимают с карантина и отправляют на реализацию в торговые сети, если нет, то проводят расширенное повторное исследование, а в случае нового негативного результата партию утилизируют, а на производстве проводят расследование корневой причины заражения.

Спасибо, друзья! Больше материалов про биологию и микромир Вы можете найти в моём профиле. Подписывайтесь на канал и до скорых встреч.

Дзен | ВК | Ютуб | Телеграм-канал

Показать полностью 22 1
73

Стоит продолжать

Мои макроснимки 2024, "одной строкой", больше других понравившиеся подписчикам.

Желаю вашим начинаниям в этом году только хороших, позитивных оценок!

9

Продолжение поста «Равновесие Нэша и дилемма заключенного: как математика связана с развитием человеческой цивилизации?»3

Равновесие Нэша в биологических и экологических системах

Органические, биологические и экосистемы, как сложные адаптивные системы, часто проявляют динамику, аналогичную равновесию Нэша, где участники взаимодействия (виды, популяции или организмы) принимают решения, приводящие к устойчивому состоянию всей системы. Эволюция таких систем также тесно связана с принципом максимальной энтропии, который описывает стремление к наиболее вероятным состояниям в рамках заданных ограничений. Математическое и физическое обоснование этих концепций связано с теорией игр, термодинамикой и статистической механикой.

Равновесие Нэша определяется как состояние, в котором ни один участник системы не может улучшить свой результат, изменив свою стратегию при фиксированных стратегиях других участников. В экосистемах и биологических системах это проявляется в стабильных взаимодействиях между видами или организмами. Математически равновесие Нэша в биологии можно описать с использованием репликаторной динамики, где частота стратегий в популяции изменяется пропорционально их успеху. Биологические взаимодействия моделируются с использованием матриц выигрышей, где равновесие Нэша находится как точка стационарности в динамической системе.

Равновесие Нэша, изначально разработанное в рамках теории игр, описывает состояние, при котором ни один участник не может улучшить свой результат, изменив свою стратегию в одностороннем порядке. В биологии эта концепция используется для анализа эволюционных стратегий, где организмы взаимодействуют друг с другом в конкурентной среде. Например, в популяционной биологии равновесие Нэша помогает понять, как определенные поведенческие стратегии становятся доминирующими в результате естественного отбора [1].

Стабильные популяции хищников и их жертв описываются моделью Лотки-Вольтерра. Здесь "стратегии" популяций - это скорости размножения и потребления, которые приводят к динамическому равновесию. Коэволюция видов, симбиоз, конкуренция и паразитизм создают устойчивые состояния, в которых виды адаптируются друг к другу, минимизируя конфликты и максимизируя совместное существование. Организмы, конкурирующие за ограниченные ресурсы, достигают распределения, при котором дальнейшие изменения стратегии ухудшат их "платежи" (например, доступность пищи или энергии).

Принцип максимальной энтропии, эволюция и стремление к равновесию

Принцип максимума энтропии утверждает, что в условиях ограниченной информации система переходит в состояние, которое соответствует наибольшему числу микроскопических конфигураций, совместимых с наблюдаемыми макроскопическими параметрами. В биологии и экологии этот принцип проявляется в распределении энергии, структуре экосистем и эволюционных адаптациях.

Энергия в экосистемах распределяется между видами и трофическими уровнями так, чтобы минимизировать градиенты и максимизировать диссипацию (например, поток энергии от солнца к растениям и далее к хищникам). Популяции видов в стабильных экосистемах формируют распределения, соответствующие максимальной энтропии в рамках доступных ресурсов и экологических ограничений [2]. Видовые стратегии (размер тела, метаболизм, репродуктивные циклы) развиваются так, чтобы максимизировать выживаемость в сложной среде, что соответствует увеличению энтропии с учетом ограничений. Математически этот принцип связывается с вариационными принципами в статистической механике - состояние системы определяется максимумом функционала энтропии.

Принцип максимальной энтропии утверждает, что из всех возможных распределений вероятностей предпочтительным является то, которое имеет наибольшую энтропию, при условии соблюдения известных ограничений. В экологии этот принцип применяется для моделирования пространственного распределения видов и прогнозирования их распространения в зависимости от экологических факторов [3]. Например, метод максимальной энтропии (MaxEnt) используется для моделирования ареалов видов на основе ограниченного набора данных о присутствии, что позволяет оценить потенциальные места обитания организмов [4].

Эволюция - это процесс адаптации организмов и систем, приводящий к динамическому равновесию. С помощью естественного отбора эволюционные процессы реализуют стабилизацию взаимодействий, максимизацию энтропии и устойчивость к внешним воздействиям.

Устойчивость экосистем достигается, когда взаимодействия видов минимизируют флуктуации популяций, что соответствует равновесию Нэша. Генетическое разнообразие, мутации и дрейф генов увеличивают энтропию популяции, способствуя адаптации к изменяющейся среде. Эволюционные механизмы формируют системы, которые эффективно перераспределяют энергию и ресурсы, что увеличивает устойчивость к стрессам.

Математическое и физическое обоснование движения эко- и биологических систем к равновесному состоянию

Теория игр, статистическая механика, термодинамика и репликаторная динамика демонстрируют, как природные системы используют фундаментальные физические законы и математические модели для адаптации и стабилизации, создавая устойчивые структуры в условиях хаотичной и непредсказуемой среды.

Эти концепции формируют базу для описания самоорганизующихся систем. В биологии и экологии равновесие Нэша и максимальная энтропия объясняют механизмы конкуренции и кооперации между видами. В физике они лежат в основе описания фазовых переходов и распределений энергии. Совместное применение этих принципов помогает понять поведение систем с множественными взаимодействующими компонентами.

Состояния равновесия описываются через распределение Гиббса, которое максимизирует энтропию при фиксированных макропараметрах (энергии, объеме и т.д.). Второй закон термодинамики обосновывает стремление изолированных систем к состоянию максимальной энтропии, что соответствует естественному движению биологических и экологических систем к устойчивости. Уравнения репликаторной динамики описывают изменения популяций и их стабилизацию.

Математическое и физическое обоснование равновесия Нэша и принципа максимальной энтропии основывается на пересечении теории игр, термодинамики и статистической механики. Эти концепции имеют фундаментальные связи, которые позволяют описывать динамику сложных систем. В физике принцип максимальной энтропии пересекается с вторым законом термодинамики, утверждающим, что замкнутая система стремится к состоянию термодинамического равновесия, при котором энтропия максимальна. Такое равновесие можно рассматривать как аналог равновесия Нэша, где состояние системы оптимально в терминах обмена энергией между компонентами.

Оба подхода активно используются в современных научных исследованиях для анализа сложных систем. Равновесие Нэша помогает понять динамику взаимодействий между видами, конкурирующими за ограниченные ресурсы, и предсказать устойчивые стратегии поведения. Принцип максимальной энтропии, в свою очередь, позволяет создавать модели распределения видов в экосистемах, учитывая неопределенность и вариативность окружающей среды. Интеграция этих концепций способствует более глубокому пониманию механизмов, управляющих биологическими системами, и поддерживает развитие методов их анализа и прогнозирования.

Применение в экономике

В экономике равновесие Нэша используется для анализа стратегического взаимодействия между участниками рынка, помогая предсказать поведение конкурентов и оптимизировать собственные решения. Принцип максимальной энтропии применяется для оценки вероятностных распределений в условиях ограниченной информации, что полезно при моделировании неопределенности в экономических системах.

Обе концепции предоставляют мощные инструменты для анализа сложных систем, будь то биологические сообщества или экономические рынки, позволяя понять и предсказать поведение их компонентов в условиях взаимодействия и неопределенности.

Серия Происхождение экономических систем путем естественного отбора

Литература

[1] Anttila J., Annila A. Natural games // Arxiv.org, 1103.1656, 2011

[2] Chakrabarti C.G., Ghosh K. Maximum-entropy principle: ecological organization and evolution // J Biol Phys., vol. 36, n. 2, 2009, 175-183, DOI: 10.1007/s10867-009-9170-z

[3] Xiao X., McGlinn D.J., White E.P. A strong test of the maximum entropy theory of ecology // The American Naturalist, vol. 185, n. 3, 2015, E70-80, DOI: 10.1086/679576

[4] Шитиков В.К., Зинченко Т.Д., Головатюк Л.В. МОДЕЛИ МАКСИМАЛЬНОЙ ЭНТРОПИИ И ПРОСТРАНСТВЕННОЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ВИДОВ ДОННЫХ СООБЩЕСТВ НА ТЕРРИТОРИИ СРЕДНЕГО И НИЖНЕГО ПОВОЛЖЬЯ // Российский журнал прикладной экологии, № 2, 2021, DOI: 10.24852/2411-7374.2021.2.10.16

Показать полностью
129

Бактерии на поверхности вросшего волоса

Если волос в процессе развития аномально закручивается и прокалывает кожу, то на этом месте возникает очаг воспаления.

Увеличение: x2000 раз. Сканирующий электронный микроскоп. Изображение раскрашено по технологии FalseColour.

Увеличение: x2000 раз. Сканирующий электронный микроскоп. Изображение раскрашено по технологии FalseColour.

Повреждённая кожа становится восприимчива для различных инфекций, из-за чего внутри часто развиваются бактериальные и грибковые инфекции.

Их вызывают микроорганизмы живущие на поверхности кожи: золотистый стафилококк, энтеробактерии и различные виды грибков.

Бонус: Волосяной фолликул под микроскопом

Спасибо, друзья! Больше материалов про биологию и микромир Вы можете найти в моём профиле. Подписывайтесь на канал и до скорых встреч.

Дзен | ВК | Ютуб | Телеграм-канал

Показать полностью 2 1
119

Слизистые носа под микроскопом

Носовая полость содержит как реснитчатые, так и нереснитчатые (секреторные) клетки. Реснички помогают выводить слизь (вырабатываемую секреторными клетками) и инородные тела из дыхательных путей наружу.

На второй фотографии видны захваченные слизью дрожжевые грибки (розовый цвет) и шаровидные бактерии (коричневый цвет).

Увеличение: x1230 и x2650 раз. Сканирующий электронный микроскоп. Изображение раскрашено по технологии FalseColour.

Бонус: Развитие колонии грибков рода Candida (таймлапс)

Спасибо, друзья! Больше материалов про биологию и микромир Вы можете найти в моём профиле. Подписывайтесь на канал и до скорых встреч.

Дзен | ВК | Ютуб | Телеграм-канал

Показать полностью 2 1
242

Поперечный срез мышечной артерии

Артерии — это кровеносные сосуды, несущие кровь от сердца к другим органам тела.

Стенки артерий состоят из трёх слоев: внутреннего (слоя эндотелиальных клеток), среднего (упругая эластичная ткань и волокна гладкой мускулатуры) и наружного (состоит из соединительной ткани).

На снимке хорошо видно как саму стенку артерии, так и множество кровяных клеток (эритроцитов), заполняющих её внутреннее пространство.

Бонус: Движение крови по сосудам куриного эмбриона

Спасибо, друзья! Больше материалов про биологию и микромир Вы можете найти в моём профиле. Подписывайтесь на канал и до скорых встреч.

Дзен | ВК | Ютуб | Телеграм-канал

Показать полностью 2 1
4884
Лига биологов

Дерево из детских сказок реально существует

А из его ягод делают вино и варенье.

Это необычное дерево называется Жаботикаба или Jaboticaba. Это растение из семейства Миртовые, которое растёт в тропических широтах как плодовая культура.

Жаботикаба вырастает до 12 метров в высоту, а его плоды достигают 4 см в диаметре. Плоды жаботикабы растут гроздьями прямо на стволе дерева, такое явление называют Каулифлория.

Жаботикаба растёт в Южной Америке, в основном в таких странах как Бразилия, Аргентина и Парагвай. Но иногда её специально выращивают в Колумбии и даже на Кубе.

Плоды жаботикабы можно есть в свежем виде, сорвав прямо с дерева. Жители Латинской Америки делают из этих плодов варенье, мармелад, сок и даже вино.

А еще из отвара жаботикабы делают лекарство от астмы и диареи. Действительно, какое-то сказочное дерево.

Во время цветения жаботикабы, возникает ощущение будто её облепили пухом. Выглядит очень необычно.

А теперь минусы выращивания этой плодовой культуры. Дерево растёт очень медленно, первые несколько лет урожая можно не ждать. Жаботикаба даёт плоды только в тёплом тропическом климате, а сами плоды хранятся очень короткое время и быстро портятся.

Но зато при хорошем уходе и благоприятном климате жаботикаба может дать несколько урожаев за один сезон. А это увеличивает запасы варенья, вина и дополнительные доходы в экономику Латинских стран.

Плоды в разрезе

Плоды в разрезе

На этом всё. В следующей статье расскажу вам про необычное домашнее животное, от которого вы будете в шоке. Поэтому подписывайтесь, будет интересно. Спасибо за поддержку, желаю вам праздничного настроения и до новых встреч.

Показать полностью 5
56

Лоси пытаются избавиться от старых рогов до Нового года

Лесные новости от Павла Глазкова/Каждой твари по паре.

Взрослые лоси уже сбросили рога, а вот молодые всё ещё носят свои мужские украшения. Скоро Новый год – в преддверие этого праздника у нас принято избавляться от старых, ненужных вещей. У сохатых – то же самое: и стар, и мал – все стараются к этому времени освободить свою голову от ненужного груза. Для ускорения процесса лоси трутся рогами о деревья. Это становится настоящей заботой для животных! Герою моего видеосюжета на этот раз не удалось избавиться от рогов, и он решил немного поразмяться.
А вот у лосих сейчас – свои задачи. Большинство самок беременны, и им нужно не только хорошо питаться и следить за собственной безопасностью, но ещё и растить своих детей, рождённых минувшей весной. Как любой маме, помимо повседневных забот, нужно находить время и на нежность.

Всеволожский район Ленинградской области.

Показать полностью 8
Отличная работа, все прочитано!