Всё дело в деньгах. Ща объясню.
Дело в том, что слать СМС неограниченному кругу лиц удовольствие не дешевое. Всякие госуслуги и прочие гос-сервисы хотели бы на этом экономить. Экономить можно, если второй фактор пускать через мессенджер.

Мессенджер сам, в свою очередь, конечно, нуждается во втором факторе для аутентификации, но это не "шило на мыло", потому что в мессенджере есть сессия и вы в нём авторизуетесь не так часто, а потом долго остаётесь авторизованными.

Например такие штуки часто делают через телеграм-ботов конторы, которые на удалёнке хотят регистрировать своих работников в корпоративной системе.
Ну а государству неловко юзать Дуровскую Телегу, всё таки не во всём с ним удаётся договориться, хочется скрепный, как в Китае к анал. Там же зашел Вичат...

Вот наши, думаю, хотят такой же огороженный изолированный интернет, а для этого нужны все свои ресурсы. Но люди ими не пользуются!