Филлосфера и т.п. рулят)
Филлосфера — это среда обитания микробиома на листьях растений. Филлосфера — это открытая система, которая взаимодействует с окружающей средой (37). Таким образом, микробы могут попадать в филлосферу из различных источников, как местных, так и удалённых. Важно отметить, что поступление микроорганизмов из окружающей среды потенциально представляет собой постоянный приток новых микроорганизмов (38), а такие территории, как сельскохозяйственные угодья, сады, леса, луга и даже городская среда, являются источниками микробных инокулянтов (39, 40). https://www.nature.com/articles/s41467-025-62989-z
С помощью популяционной геномики Монтейл и др. (48) продемонстрировали, что штаммы Pseudomonas sp., могут быть обнаружены в атмосферном водном цикле (например, в дожде и снеге). Аналогичным образом было доказано, что дождь является ключевым резервуаром филлосферной микробиоты для других видов растений (например, томатов) (49).
Становится всё более очевидным, что существует взаимная связь между филлобиомом и атмосферным микробиомом, обусловленная атмосферными процессами, происходящими в глобальном масштабе. Филлосфера теоретически огромна: по оценкам, площадь поверхности листьев растений (с адаксиальной и абаксиальной сторон) в глобальном масштабе составляет от 2×108 до 1×109 км2 (50). Для сравнения: это в два раза больше площади всей поверхности Земли. Считается, что на этих листьях, находящихся под прямым воздействием атмосферы, присутствует от 1024 до 1026 микробных клеток (38), а значит, они потенциально доступны для переноса в атмосфере.
Несмотря на высокое содержание сахара и осмотическое давление, в нектаре обнаруживается целый ряд микроорганизмов, таких как дрожжи, дрожжеподобные грибы, мицелиальные грибы и бактерии (93, 96). Было доказано, что этот «нектарный микробиом» функционален: он изменяет содержание сахара и аминокислот (97) и влияет на выделение летучих веществ (98). Это важно, поскольку различные свойства нектара могут влиять на привлекательность цветка для опылителей, а значит, и на успех растения. Действительно, изменение микробиома нектара может повлиять на частоту посещения растения насекомыми (99) и его репродуктивный успех.
Растительные микроорганизмы, в частности эндофиты, являются важнейшим компонентом рациона человека и корма для животных. В рационе человека свежие овощи часто употребляются в сыром виде и содержат различные микробиомы, отражающие вид растения и его происхождение (126). Таким образом, свежие овощи и фрукты являются важным источником микроорганизмов для кишечника (127,–129). Например, Вассерманн и др. (128) подсчитали, что с каждым яблоком в организм попадает около 100 миллионов бактериальных клеток. Однако после сбора урожая количество, виды и типы микроорганизмов, попадающих в организм, могут существенно измениться (128, 130). Даже после обработки (например, сушки на воздухе, кипячения или приготовления пюре) сохраняется примерно треть исходного количества микроорганизмов, но их состав существенно меняется (например, увеличивается количество Pseudomonas spp. и Ralstonia spp. и уменьшается количество Bacillus spp.) (131).
В кишечнике человека обитают разнообразные микробные сообщества, которые подвержены обмену микроорганизмами между людьми. Уже при рождении около 50 % микроорганизмов в кишечнике младенца происходят из кишечника, влагалища или с кожи матери. Всего через 2–5 дней после рождения микробиомы матери и младенца могут иметь до 72 % общих видов (161).
Грудное молоко может содержать более 800 000 бактериальных клеток в день, которые служат первопроходцами в колонизации кишечника младенца (168). Через неделю после рождения микробные сигнатуры грудного молока и стула младенца совпадали на 88 %, а к 12-й неделе этот показатель снизился до 70 % (169).
Люди тысячелетиями делили жилое пространство и пищевые ресурсы с животными-компаньонами. Собаки были одомашнены 30 тысяч лет назад, а кошки — 10 тысяч лет назад. Люди и лошади живут в непосредственной близости друг от друга уже более шести тысяч лет. Такие длительные периоды совместного проживания, скорее всего, способствовали коэволюции микробиомов людей и животных: были одомашнены не только животные, но и их микробиомы.
Краткосрочные исследования показали, что совместное проживание с домашними животными приводит к изменению разнообразия и состава микробиоты кишечника как у людей, так и у животных (188). Эти изменения имеют функциональные последствия. Например, Ду и др. (188) показали, что у владельцев кошек значительно изменяются метаболические пути, например ускоряется метаболизм аминокислот, нуклеотидов, биологическое окисление углеводов, витаминов и липидов. Кроме того, наблюдались интересные взаимодействия в обмене микробиомом между кошками и их владельцами в зависимости от пола и физиологии владельцев
